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東に佐賀県と隣接する以外、周りは海である。対馬、壱岐、五島などの島嶼が多く、島嶼の数は 971 と全国一である。また、海岸線 4,137km は北海道に次いで全国2位であるが、北方領土を除いた場合の北海道の海岸線は2,978kmとなり、大差で長崎県が第1位となる。面積が北海道の約20分の1である長崎県の海岸線がこれほど長大なのは、島嶼が非常に多いことに加え、リアス式海岸で海岸線が複雑に入り組んでいるからである。この地形的特徴により、長崎県全域に83箇所の港湾が点在している。その数は全国の7.4％に及び、全国有数の港湾県となっている。ちなみに長崎県内に、海岸線からの距離が15km以上の地点はない。

南西方向から暖流の対馬海流が流入してくるため、気候は温暖で、寒暖差も小さい。冬場は東シナ海側を中心に曇りがちの天気になる事が多く、時雨や雪を降らせる事がある。積雪することは少ないが、すぐ西側は東シナ海なので季節風の風向によっては、雪雲が遮られずに供給される事により、大雪となることがある。特に2001年1月16日には長崎市で14cmの積雪を観測し、県内各地で大雪となった。しかし、九州地方最北端の対馬では朝鮮半島のすぐ南側に位置する為、東シナ海で発生した雪雲は朝鮮半島に遮られる上、朝鮮半島との海上区間はわずか50km程と極端に短いため雪雲は発達せず、降雪日は多いものの積雪することは稀である。

生物的見地からみると、各地の海岸にみられるアコウなどの亜熱帯性植物は温暖な気候を反映している。他にも大陸に近いためツシマヤマネコやムツゴロウなどの大陸系遺存種が多いこと、各地の離島で多くの亜種が発生することなども特徴である。

島原半島は活火山地帯で温泉が多いが、1990年-1995年の雲仙・普賢岳の噴火は島原市と深江町を中心に大きな被害をもたらした。また、東シナ海に突き出しているため、台風の上陸数も多く、長崎県に限らず、日本列島に大災害をもたらした台風17号 (1976年、長崎市)、台風17号 (1991年、長崎市)、台風19号 (1991年、佐世保市)、台風18号 (2004年、長崎市)、台風14号 (2005年、諫早市)、台風13号 (2006年、佐世保市)などの台風が上陸している。

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